一、审查内容的差异
  我国《公证法》规定，公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。理论上，对作品（包括计算机软件和其他各类作品）进行公证是可行的，按照《公证法》，作品公证属于保全证据的公证事项。实践中，我国公证机构办理作品公证的业务不多。公证时，需要申请人提交身份证明和作品样本。公证员审查的内容较少，相对简单，审查的重点是申请人办理作品公证的身份和资格是否真实、合法，公证员对作品的著作权权属等不会审查。
  著作权登记是按照《计算机软件保护条例》、《计算机软件著作权登记办法》和《作品自愿登记试行办法》的规定，由登记机构对计算机软件和其他各类作品的著作权进行登记的活动。我国著作权登记业务量较大，各类登记已累计达到了数百万件，且登记量呈现快速增加之势。办理著作权登记时，申请人除了提交身份证明、作品样本或者软件的源程序等材料之外，还需要提交表明作品权利归属的证明，例如法人作品和职务作品声明，委托作品的委托创作协议等。按照《计算机软件著作权登记办法》和其他相关规定，申请登记的计算机软件和其他各类作品如果存在权属争议，将不予进行登记。当然，经审查，不予登记的情形还包括不受《著作权法》保护的作品，超过著作权保护期的作品等情形。故著作权登记时，需审查的内容较多，相对复杂，审查的重点是作品的著作权权属。
  二、法律效力的差异
  作品公证与著作权登记要求提交的材料不同，审查的内容和重点不同，直接导致了这两种行为在法律效力上存在着巨大差异。
  我国《公证法》第三十六条规定，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。实践中，办理作品公证大致分为两类情形，一类是证明公证时申请人已经持有作品这一事实；另一类是公证证明申请人“自称”作品已经创作完成，并享有著作权这一事实。这两类情形的公证书的法律效力如何？即作品公证书能证明什么？笔者认为，仅仅能证明“公证时作品的事实状态”，即申请人将作品提交给公证员时，作品事实上所处的状态（例如，作品被申请人所持有）。对于作品的创作完成时间、作者、署名、著作权人等《著作权法》意义上的关键要素一概证明不了。另外，第二类情形的公证书作为证据使用时，根据我国《民事诉讼法》和相关证据规则，属于法定证据种类中的“当事人陈述”，在对方当事人不认可或没有其他证据支持的情况下，其证明力较弱，单独的“当事人陈述”被采信的概率亦不高。
  与作品公证法律效力不同的是，《计算机软件保护条例》第七条规定：软件登记机构发放的登记证明文件是登记事项的初步证明。《作品自愿登记试行办法》第一条规定：为维护作者或者其他著作权人和作品使用者的合法权益，有助于解决因著作权归属造成的著作权纠纷，并为解决著作权纠纷提供初步证据……。最高人民法院《关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》法释2002【31号】第七条规定：当事人提供的涉及著作权的……著作权登记证书……，可以作为证据。《中华人民共和国著作权法》（修订草案送审稿）第八条规定：登记文书是登记事项属实的初步证明。无论是从这些规定本身还是从长期的实践情况看，著作权登记证书是登记事项属实的初步证明，在没有相反证据的情况下，可以直接认定登记事项属实，例如直接认定《作品登记证书》上记载的作品名称、作品类别、作者、著作权人、创作完成时间、首次发表时间和登记日期的真实性、合法性。事实上，从1992年我国开展计算机软件著作权登记工作以来，随着其他各类作品登记的开展，著作权登记证书为解决著作权纠纷发挥了越来越重要的作用，著作权登记的法律效力得到了越来越多的认可。
  三、应用范围的差异
  除了以上两点差异之外，作品公证与著作权登记在应用范围还存在着显著差别。事实上，著作权登记证书的应用范围远大于公证书。
  除了应用于各类诉讼，用于证明登记事项属实之外，著作权登记证书还被广泛应用于多种场合。例如《作品登记证书》被大量应用于文化创意产业，作为授权使用、权利流转、版权交易等的基础性文件。而《计算机软件著作权登记证书》更是被我国财政部、国家税务总局、工业和信息化部、科学技术部等多个部委认可，作为认定高新技术企业、认定软件产品和软件企业、科技成果登记和计算机软件产品增值税减免的条件之一。按照国家政策，取得《计算机软件著作权登记证书》之后，对于计算机软件产品增值税，采用即征即退的方式减免优惠；经认定后的高新技术企业，可以申请享受税收优惠政策，企业所得税税率由原来的25%减少为15%，相当于在原来基础上降低了40%。
  反观作品公证，除了保全证据，证明“公证时作品的事实状态” 并用于诉讼之外，目前来看作品公证书没有其他方面应用的途径。
  作品公证和著作权登记除了在审查内容、法律效力和应用范围存在差异之外，还存在其他显著差别。例如在办理机构方面，作品公证由公证机构办理，著作权登记由登记机构办理；在是否公示公告方面亦不同，作品公证不存在公示公告的问题，著作权登记则由公告增强其公信力。应该说，作品公证与著作权登记是两类法律行为，界限是清楚的，不应当存在作品公证书能代替著作权登记证书的错误认识。