无效宣告请求人提出专利无效宣告请求，由复审和无效审理部作出专利有效或者无效的决定，表面上看处理的是专利权人与无效宣告请求人之间的纠纷，但实际上其核心问题是专利权的对世效力。无效程序解决的问题是判断“专利权的授予是否合法”。不同于民事诉讼的“居中裁决、不告不理”，无效程序是一种专门化的行政审查程序，其目的并非仅是为了平息涉案双方当事人之间的争议，还包括向社会提供符合法律规定、权利稳定、范围清晰的专利权，复审和无效审理部在整个专利无效程序中行使的是专利行政审批权。
  从社会公众的权益分析，无效程序是具有公益属性的行政确权程序。专利法实施细则第七十二条第二款规定，请求人在专利复审委员会对无效宣告请求作出审查决定之前撤回其无效宣告请求的，无效宣告程序终止，但专利复审委员会认为根据已进行的审查工作能够作出宣告专利权无效或者部分无效的决定的，不终止审查程序。该规定体现了专利权有效性纠纷并非仅仅是请求人与专利权人之间的民事纠纷，而是关系到公众利益的含义。如果行政机关经审查发现专利权的授予存在不当，仅因为请求人撤回请求而维持专利权有效，使得这种存在瑕疵的权利继续存续，就会对公众构成不合理地限制，而消除这种限制需要再次启动无效程序，并为此支付额外的成本，造成对社会资源和行政成本的浪费。此外，在专利无效程序中主要依据请求人提出的无效理由是否成立，作出关于专利权效力的认定，但又不局限于请求人的无效理由。《专利审查指南》2010版第四部分第三章4.1节列举了可以依职权进行审查的七种情形，有效避免了存在明显缺陷的专利权继续存续，从而纠正不当的专利授权行为。这些规定集中体现了复审和无效审理部所肩负的维护公众利益、消除不当授权对公众利益损害的职能。
  从专利权人的权益分析，对已授权专利的有效性进行再审查实质上也是对专利权边界的重新确认。在无效程序中赋予了专利权人修改专利文件的机会，允许专利权人通过对专利文件的修改重新划定专利保护的范围，使其专利权更为稳定，为其进一步行使专利权夯实基础。2017年4月1日起实施的《专利审查指南》对无效程序中修改权利要求的方式作出了适度地放开，设置了“进一步限定式修改”的方式，允许专利权人更为“精准”地限定其权利要求，更有利于保护专利权人的合法权益。根据相关统计，近5年的无效宣告请求案件中，约有四分之一的无效案件涉及部分无效或者对权利要求进行了修改，这也表明无效程序对于重新界定专利权边界，提供更稳定的专利权具有重要意义。
  由于专利权的修改是否符合法律规定的审查以及修改后重新公告权利范围属于专利行政机关的职能，专利权人的修改需求在人民法院无法实现，并且我国专利法未设置专利权授予之后的订正程序，如果在侵权诉讼中引入专利权无效抗辩，专利权人将损失修改权利要求的机会。当专利权人对授权后权利要求有修改需求时，需要自行向专利行政机关提起无效宣告请求并在该程序中修改权利要求，待修改被确认后，再次向人民法院提起新的民事诉讼。这样一来，原本一次无效程序就可以解决的问题，需要两次甚至更多次行政程序与民事诉讼程序才能够得到解决。如果由法院在侵权诉讼中直接对专利权是否有效进行审理，一方面为保障专利权人的修改权利，必然需要增加其他授权后程序，使授权后程序变得更为复杂，有悖于专利法第二次修改时简化程序设置的目的；另一方面基于专利权人的合法权益考虑，也需要另设侵权诉讼与无效审理之间的协调程序，这些均需对专利法的基本框架作出较大调整。因此，由法院审理无效，需要对当前专利法框架做较大改变，增设新的授权后程序，或者需要授权后程序与民事程序的更多协调。
  从被控侵权人的权益分析，2016年发布的《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件引用法律若干问题的解释（二）》第二条规定，权利人在专利侵权诉讼中主张的权利要求被专利复审委员会宣告无效的，审理侵犯专利权纠纷案件的人民法院可以裁定驳回权利人基于该无效权利要求的起诉。可见，无效抗辩的功能在现有制度框架下已经实现，在侵权诉讼中引入与无效程序相重叠的无效抗辩的必要性不大。在专利权人通过缩小保护范围而换取其专利权继续有效的情况下，被控侵权人（无效宣告请求人）有机会尽早摆脱或减轻侵权责任，而不必等待侵权判决作出。