互联网软件发明专利诉讼的抽象性及交互性特点导致原告发现侵权和证明侵权存在较大的难度，同时，周期长和侵权赔偿数额的不确定性也致使很少有互联网企业愿意主动发起侵权诉讼。
  一方面，专利侵权诉讼具有周期长的特点。专利侵权诉讼基本都要涉及专利无效、行政诉讼等多个流程，被告为彻底打掉原告权利基础，往往对涉案专利提起多轮无效连番轰炸……每轮无效引发的行政诉讼又分为一审、二审，侵权诉讼更是存在一审，二审和审判监督程序，导致一件专利侵权诉讼会衍生出多个案件。而在司法层面上，目前司法资源稀缺，法院案多人少，一件侵权诉讼，从立案到最终做出终审判决，基本都要三年以上。三年对于传统行业可能影响不大，但是对于日新月异、竞争激烈的互联网行业则影响巨大。互联网行业的技术更新速度基本以月为周期，在三年之后，对于某些主张侵权的专利，可能价值已经严重贬损，这时停止侵权行为对原告获得竞争优势可能已无多大的帮助。而且对于很多初创公司而言，能不能生存三年都是个问题。
  另一方面，侵权赔偿数额具有较大的不确定性，且酌定数额普遍偏低。互联网专利侵权引发的损失往往与流量相关，流量的市场价值已获得司法的认可，部分判决对流量的价值已有明确认定，如（2014）京知民初字第93号民事判决认为“由于互联网的盈利模式不仅包括直接收费，也包括广告等间接收费方式，因此，是否直接收取费用并非互联网环境下认定销售行为的唯一依据，国笔公司、历趣公司在其网站提供国笔输入法免费下载的行为可以提高网络用户点击量，相应带来广告收益或提高网站知名度，从而为国笔公司、历趣公司带来经济利益”。但流量与原告损失或被告盈利之间的因果关系、流量与经济价值之间的对应关系往往难以证明，导致赔偿数额通常由法院酌定，具有较大的不确定性，且酌定数额往往偏低，难以覆盖维权成本和因侵权所遭受的损失。对于企业而言，对侵权诉讼的结果没有准确预期，风险与收益不成正比，就不愿轻易尝试使用专利侵权诉讼保护自己合法权益。