发明专利申请书的第一部分为背景技术介绍，要求专利发明人对背景技术及其不足之处进行总结。科研论文第一步部分和发明专利申请书很类似，也是介绍前人的研究工作及不足之处。不同之处在于科研论文必须引用和列出相应的参考文献，而发明专利申请则可以不列参考文献。
  发明专利申请书的第二部分为发明的技术方案。这部分和论文的方法（method)比较类似，但不同之处居多。这部分要求发明人用文字和公式阐述发明的技术方案，不能用图表。即使发明的技术方案用图表更容易说明问题，发明人也必须把图表内容转换成文字。尤其是涉及到复杂装置的技术方案，用文字表述需要特殊技巧。论文的方法部分则没有多少限制，论文撰写人可以选择更容易让读者理解和明白的论文撰写方式。可以有详细的公式推导和图表。
  发明专利申请书的第三部分为实施例和发明专利附图。这部分要求发明人必须结合发明专利附图说明发明的具体实施方案。这部分和论文的实验部分类似，但差别很大。发明专利实施例为实现发明技术方案的一个或多个例子，很多论文的主体部分就相当于一个实施例。
  发明专利申请书的第四部分为发明的技术效果，这部分和论文的结论部分类似。不同之处在于说明发明的技术效果一两句话就行了，也不需要基于严格的逻辑推理。而论文的结论部分则是基于对实验数据的分析和推理，可靠性高。
  发明专利由专利审查人审查，重点判断发明的技术方案和现有文献有无重复之处。科研论文由同行审稿，重点判断实验数据是否可靠，结论是否准确。由于专利审查员一般不是同行，发明的技术效果无法通过专利审查保证。
  发明专利从申请到授权的周期一般为2年，科研论文的发表周期一般在一年之内。科研论文发表后的收获是同行的引用和评价。发明专利的收获依赖于专利的实施和转让。如果一项发明专利10年没有转让和实施，付出的成本可达数万元人民币。申请发明专利的成本比发表论文高得多。
  发明专利的重中之重是权利要求书的撰写。这部分关系到发明专利的保护范围和保护力度。好的发明专利权利要求书可以实施大面积保护，让竞争对手无从下手。科研论文则希望在论文基础上开展的研究越多越好，这与发明专利的排他性目标完全背道而驰。
  发明专利在于保护创新或改进的设备与方法，主要与应用技术息息相关，是高科技企业的命根子。科研论文在于科学知识的传播与共享，可包罗万象，可体现一个国家的科技发展水平。发明专利主要推动经济发展。科研论文主要推动人类文明的进步。发明专利主要保护企业做大做强，科研论文主要加强人类对自然和社会的认识。没有发明专利国家就要挨打，没有科研论文人类就会变得愚昧无知。