计算机程序发明不同于计算机程序，计算机程序本身是指为了能够得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置执行的代码化指令序列，或者可被自动转换成代码化指令序列的符号化指令序列或者符号化语句序列，包括源程序和目标程序。[1]
  计算机程序通常采用计算机语言编写，如java,C++,Python等。目前对于计算机程序本身的保护通常以软件著作权的方式进行保护，这种保护方式缺点在于，一套软件如果采用Java的语言进行的编写，而侵权方根据该软件的代码换用C++的语言进行编译，因为著作权仅保护作品的表达方式，在此种情况下侵权软件的表达方式已经完全不同于原软件，在主张著作权侵权时则存在极大的风险。
  而计算机程序的发明是指为解决发明提出的问题，全部或部分以计算机程序处理流程为基础，通过计算机执行按上述流程编制的计算机程序，对计算机外部对象或者内部对象进行控制或处理的解决方案。对外部对象的控制或处理包括对某种外部运行过程或外部运行装置进行控制，对外部数据进行处理或者交换等；对内部对象的控制或处理包括对计算机系统内部性能的改进，对计算机系统内部资源的管理，对数据传输的改进等。[2]
  由此可以看出，计算机程序的发明保护的是流程，不受程序编写语言的限制。同时审查指南还特意强调，涉及计算机程序的解决方案并不必须包含对计算机硬件的改变，这进一步明确了计算机程序设计方案这种无形化技术的保护。